研究多肽结构的主要目的是解释其氨基酸组成和序列是否正确，如果多肽分子中含有胱氨酸，则应澄清其状态(氧化态或还原态)，并确定含有多种半胱氨酸的多肽的正确的二硫键连接位点。对于某些长肽，可能还需要利用核磁共振(NMR)、圆二色谱等方法来研究它们的空间结构(如二级和三级结构)。

 

    对于短肽，元素分析、红外光谱、核磁共振波谱、氨基酸组成分析、质谱等常用方法有时足以解释它们的结构特征。如果从上述测试中获得的信息难以合理分析和分配，则应进行氨基酸测序。

 

    中、长肽应进行氨基酸组成和氨基酸序列分析。氨基酸序列的一般方法是Edman降解，这是测定N-末端氨基酸的化学方法。基于快速原子轰击、电喷雾、场分析和激光分析质谱等多种技术的质谱技术可以提供多肽的分子量和序列信息，是对Edman降解的良好补充。

 

    对于含有20多个氨基酸残基的肽，如果不能直接确定其序列，则可根据肽的分子量和氨基酸组成的特点，利用特定的蛋白水解酶将其分解成小片段，然后对每个小片段的序列进行分析。

 

    当肽含有非天然氨基酸和氨基酸衍生物时，应在结构研究中加以证实。此时，应在相应的研究中研究这些非天然氨基酸和氨基酸衍生物的色谱行为。